清朝康熙２２年（西元１６８３年），清廷撥調士兵百名駐紮打狗旗后。至康熙３３年改派水師，步戰守兵７０名及戰船兩艘，以守衛打狗等地。清道光２０年（西元１８４０年）中英鴉片戰爭，清廷於旗后築砲台一座以作為防備大狗港的防禦工事。清同治１３年（西元１８７４年）日軍入侵恆春，造成牡丹社事件，清廷派沈葆禎來台加強海防，乃派員督造旗后、港口（雄鎮北門）等二處砲台，以防衛打狗港杜絕日軍入侵。旗后砲台為英籍工程師所設計，其建造型式雖屬西式砲台，但旗后砲台之正門入口卻有十足中國風味，尤其是八字門及兩邊門牆上，以磚砌成樣式不同的「囍」字，更為其一大特色。
　　至清光緒２０年（西元１８９４年）１０月１５日日軍攻打打狗港，因黑旗軍統領劉成良事先逃往台南，日艦「吉野號」於砲戰中擊毀砲台門楣之「威震天南」前兩字，日軍毫不費力佔領旗后等多處砲台，進佔打狗。日據時期，旗后砲台之大砲被拆走、溶毀。台灣光復後，砲台乏人管理，而且列為軍事管制區，一般民眾無法直接參觀！直至民國７８年高雄市政府重新修復，並於民國８２年完工，８４年元月重新開放供民眾參觀（二級古蹟）。這裡可以遠眺高雄港外海風景，也可以一攬旗津全島的風景喔！